Mengikut teori, penduduk Asia
Tenggara bukanlah penduduk asal sebagaimana yang dilihat pada hari ini.
Terdapat teori yang menyatakan bahawa penduduk Asia Tenggara pada asalnya
adalah daripada China iaitu daripada wilayah Yunnan yang kemudiannya berhijrah
ke Asia Tenggara sekitar 2500 S.M sehingga 1500 S.M. Pandangan yang di
kemukakan oleh P.E dan F.Sarasin dan juga R.V.Heine Geldern begitu adalah yang
paling popular dan digunapakai. Mengikut teori yang dikemukan ini,masyarakat
Yunnan datang ke Asia Tenggara melalui dua gelombang yang besar yang berlaku
sekitar 4000 tahun lampau. Kelompok pertama yang tiba dikenali sebagai Melayu
Proto. Kedatangan masyarakat Melayu Proto ini menyebabkan masyarakat Vedda
iaitu masyarakat awal di Asia Tenggara telah masuk jauh kedalam hutan.
Masyarakat Melayu Proto ini telah menjadikan kawasan pesisir pantai sebagai
kawasan kediaman. Melayu Proto dikatakan nenek moyang kepada masyarakat Melayu
Polinesia. yang tersebar dari kepulauan Madagaskar kemudian ke kawasan
kepualauan paling timur di pasifik dan dikatakan berhijrah dari kepulauan
paling selatan China ke Indonesia. Mereka ini dikatakan berasal daripada Yunnan
kemudian imigrasi ke Indo-China,Siam dan kekawasan-kawasan pulau Asia Tenggara.
Gelombang kedua dikenali sebagai Melayu Deutro. Kedatangan mereka ini
telah menyebabkan Melayu Proto pula masuk kedalam pedalaman dan semakin ke
selatan. Melayu Deutro ini dikatakan berasal daripada kawasan utara Indo China
dan ia merupakan satu bangsa yang sudah mempunyai teknologi besi sebagai
senjata. Kemasukan orang Melayu Proto keselatan dan pedalaman ini disebabkan
budaya yang dibawa oleh orang Melayu Deutro lebih terkedepan menyebabkan
masyarakat Melayu Proto tidak dapat menerimanya sekaligus terus meminggirkan
diri daripada masyarakat yang baru itu. Pendapat yang dikemukan ini berpandukan
kepada penemuan kapak batu. Mengikut hipotesis ini,alam Melayu telah bertindak
sebagai laluan utama dalam proses penhijrahan ini.
Namun begitu, Peter Bellwood berpendapat lain daripada pendapat yang
dikemukan oleh F.Sarasin dan R.V.Heine Geldern. Peter Bellwood menerima
kedatangan masyarakat ini daripada China namun menolak teori kedatangan yang
dikemukan oleh tokoh sejarah tersebut. Peter Bellwood berpendapat, pergerakan
penghijrahan ini berlaku melalui Taiwan, kemudian ke Filifina dan kemudiannya
ke Borneo dan seterusnya melebar ke kawasan yang lain. Peter Bellwood
berpendapat demikian kerana persamaan yang wujud antara suku Goshan di Taiwan
dengan masyarakat Asia Tenggara.
Selepas penemuan lebih banyak bukti maka lebih banyak teori mengenainya.
Pendapat tokoh sejarah awal telah disanggah oleh ahli sejarah seperti William
G. Solheim, James T Collins dan Chester Gorman. Menurut tokoh sejarah
ini,penduduk Asia Tenggara merupakan penduduk asal bagi kawasan ini. Ini
dibuktikan dengan penemuan kebudayaan masyarakat Asia Tenggara telah wujud
sejak 10,000 tahun dahulu di Gua Spirit Siam. Penemuan Java Man telah
menyebabkan ahli sejarah berpendapat bahawa manusia awal Asia Tenggara telah
menyebarkan pengaruh ke kawasan sekitarnya.
James T.Collins menggunakan linguistik dalam kajiannya dan beliau
berpendapat bahawa manusia awal berasal daripada Borneo dan menyebarkan
pengaruhnya sehingga ke Filifina.
Berlakunya perkembangan masyarakat di Asia Tenggara tidak terlepas
daripada pertanian. Perkembangan teknologi pertanian tidak boleh ditolak
sebagai unsur utama dalam membantu perkembangan petempatan dan kemajuan
penduduk Asia Tenggara. Daripada pertanian sawah padi ini telah menyebabkan
lahirnya kerajaan dan politi-politi awal di Asia Tenggara seperti Funan.
Perkembangan pertanian menyebabkan berlakunya lebihan dalam hasil pertanian
menyebabkan mereka mula memikirkan bagaimana hendak menggunakan lebihan
tersebut untuk mendatangkan hasil. Oleh itu,wujud pula sistem ekonomi dan
sekaligus mengembangkan sektor perdagangan dalam kalangan politi-politi awal.