( Bendera SBBU )
Sabah asalnya dibawah kekuasaan Kesultanan Brunei tetapi kemudian dihadiahkan kepada Kesultanan Sulu selepas Sulu membantu menewaskan Sultan Brunei.Pada 1865,Charles Lee Moses telah memajak selama sepuluh tahun dengan bayaran 9500 dolar setahun dari Sultan Brunei namun tidak lama kemudian Lee Moses telah menjualnya kepada Syarikat Perdagangan Amerika Borneo.Akibat tidak menguntungkan Sabah sekali lagi berpindah tangan kepada Baron Von Overbeck pada 1877.Baron telah berpakat dengan seorang lagi rakannya dari Britain iaitu Alfred Dent.Mereka telah berjumpa Sultan Brunei dan Sultan Brunei tidak akan membuat tuntutan keatas Sabah jika membayar 15 000 dolar setahun.Mereka juga ke Sulu dan perlu membayar 5000 dolar setahun.Pada 1880,Baron telah menjual hakya kepada Alfred Dent.Alfred selaku pemilik mutlak Sabah telah menubuhkan Syarikat berpiagam Borneo Utara ( SBBU ).SBBU mula menguasai negeri Sabah pada tahun 1881. SBBU telah mendapatkan Piagam di Raja British dengan beberapa syarat iaitu hubungan luar dan perlantikan pegawai dibawah British sedangkan SBBU berhak untuk mentadbir Sabah.Syarikat perlu menyediakan pengkalan tentera laut British dan dilarang melakukan monopoli.W.H.Treacher telah dilantik sebagai gabenor British pertama di Sabah dan pegawai juga dilantik di kawasan Sandakan,Papar,Tempasuk.Sebuah Majlis Penasihat telah diwujudkan dan semuanya terdiri dari pegawai dan tiada seorang pun dari kalangan masyarakat.Bagi meluaskan kawasan Syarikat telah bertindak membeli kawasan antaranya Sungai Pengalat 1883,Penampang,Putatan dan Kilas 1884 dan Mantani serta Kawang pada 1885.Bagi mengelakkan 2 kuasa iaitu Sabah dan Sarawak bertelagah maka pada 1888 telah ditandatangani satu perjanjian dimana Sabah dan Sarawak menjadi negeri naungan British,Brunei menjadi naungan British dan Labuan menjadi tanah jajahan British.Namun begitu,SBBU terus membeli kawasan Brunei,pada 1889 daerah Mengkabung,Menggagat,Inanam dan Kinarut berjaya diperoleh dan daerah terakhir yang diperoleh ialah Membakut 1903.
Namun begitu SBBU turut juga menghadapi penentangan antaranya oleh penduduk Muslim dari Illanun,Bajau dan Sulu.Mereka dipimpin oleh Mat Salleh yang berketurunan Bajau dan Sulu.Antara sebab penentangan dilakukan ialah kerana penganiayaan terhadap penduduk Sabah.Pada 1895,Mat Salleh telah membuat aduan bahawa pihak syarikat telah mengganggu kawasannya namun aduan itu tidak dipedulikan bahkan kampung beliau telah dibakar.Pada tahun 1897,Mat Salleh bersama pengikutnya telah menyerang pelabuhan syarikat di Pulau Gaya.Kemudian Mat Salleh telah membina kubu di Ranau dan menyerang Ambong.Serangan British keatas Ranau gagal menangkap Mat Salleh apabila Mat Salleh berjaya melarikan diri ke kawasan pedalaman.William Cowei iaitu pengarah urusan syarikat di London menawarkan perdamaian kepada Mat Salleh.Mat Salleh diberi memerintah kawasan Tambunan dengan bebas namun ia hanyalah muslihat pihak syarikat.Apabila syarikat mungkir janji Mat Salleh telah sekali lagi menentang namun pada pertempuran Januari 1900 beliau telah terkena peluru dan meninggal sebulan kemudian.Kematian Mat Salleh bukanlah penamat kepada pemberontakan di Sabah kerana pada tahun 1915 berlaku pemberontakan Rundum yang diketuai oleh Antanum.